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可以肯定的告诉大家，正规的毕业论文查重是不包括参考文献的，所以可以放进去一起，参考文献并不在毕业论文查重范畴内。 不过参考文献的格式要符合要求才能被系统识别到，否则该部分不会被排除到查重范围外。 有些同学可能会问，为什么查重报告中自己的参考文献部分被标红了呢？
三、查重时参考文献要不要删掉. 在论文格式正确的前提下，学术查重是不检测论文封面、目录、参考文献、引用等内容的。. 考虑到论文封面、目录、参考文献、引用等内容的，因此，大家在提交论文进行学术查重之前应当将上述内容给予删除，以保障学术查重结果的准确性，不过也需要根据学校实际要求来删除。. 此外，目前学术查重仅能够识别word形式的文章，学生在检测论文时候对于文档中的图片内容可以不予删除，其并不会影响学术查重结果的准确性。.
论文的撰写应本着严谨、求实的科学态度，凡有引用他人成果之处，均应按论文中所出现的先后次序列于参考文献中，并且只列出正文中以标注形式引用或参考的有关著作和论文，参考文献应按正文中出现的顺序列出直接引用的主要参考文献。 一般而言，无论是高校还是杂志社在对论文进行学术查重过程中，主要考虑的是论文的去除引用文献的重复率部分，这也可以在学术检测报告当中体现出来，学术报告当中有一个全文的重复率部分，还有一个部分是去除引用文献的重复率部分，因此，一般而言，即使论文作者对其他论文进行引用，只要引用格式正确，一般都会被学术论文查重软件自动识别为引用部分，以绿色字体标注，在去除引用文献部分的重复率会有所体现。