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知网参考文献一般不查重，而且论文的参考文献是一般是不需要查重的，而且知网检测系统时，就算把全部的论文上传上去，知网检测查重系统也是可以识别正确的目录和参考文献并剔除，不参与正文检测。 但是也千万不要图省钱，把参考文献哪些不参考查重的地方省略了。
论文的撰写应本着严谨、求实的科学态度，凡有引用他人成果之处，均应按论文中所出现的先后次序列于参考文献中，并且只列出正文中以标注形式引用或参考的有关著作和论文，参考文献应按正文中出现的顺序列出直接引用的主要参考文献。 一般而言，无论是高校还是杂志社在对论文进行知网查重过程中，主要考虑的是论文的去除引用文献的重复率部分，这也可以在知网检测报告当中体现出来，知网报告当中有一个全文的重复率部分，还有一个部分是去除引用文献的重复率部分，因此，一般而言，即使论文作者对其他论文进行引用，只要引用格式正确，一般都会被知网论文查重软件自动识别为引用部分，以绿色字体标注，在去除引用文献部分的重复率会有所体现。
知网检测报告主要是由全文重复率、去除引用部分重复率以及去除本人发表文献重复率。 因而，知网检测自己的文章不会算在重复率里。 但是，这有一个前提条件，即学生在提交自己的文章进行检测时，已经发表该文章并且该文章被收录在知网，其著作权归该学生所有。 同样的，职称论文也是同样的规定，其唯一的区别主要体现在，硕士论文查重系统是知网VIP5.1,而职称论文查重系统则是AMLC或者SMLC这两种，但是，凡是作者已经将论文发表并被知网收录且著作权属于作者的论文，通常都会在去除本人已发表重复率的计算部分予以体现。 知网重复率检测主要有3类：1.总复制比；2.去除引用文献后的复制比；3.去除自引文献后的复制比。 去除自引就是将你发表的论文排除的，但是要是第一作者，而且你要在硕论中标注出来。
论文查重需要把参考文献放进去，其目的有三即：为了能反映出真实的科学依据；为了体现严肃的科学态度，分清是自己的观点或成果还是别人的观点或成果；为了对前人的科学成果表示尊重，同时也是为了指明引用资料出处，便于检索。