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应该会的，保密只针对的是读者，查重的范围是知网的数据库。不过如果不是知网的检测软件那就查不出来
未解密的论文，虽然下载不了，但是也有可能被列入知网的对比库了。具体的你可以咨询知网客服……可以换一种问法，就说你有篇保密论文，会不会被列入对比库。
是会被查重的
如果博士论文已经被数据资源库收录的话就是会被查重出来的额
所以在PaperRa ter论文查重中如果你的研究生论文有存在抄袭博士论文的话最后啊去查重下 然后经过相应的修改
硕士研究生论文查重用 Paperrater论文查重软件查重
查重准确度高 首次查重还有5000字免费查重
查重跟知网相比较是最接近的
保密的一般是与涉密项目有关的论文，即常规涉密内容，如：涉密的国家自然科学基金项目（以下简称“国自然”）、涉密的国家重大社会科学基金项目等；或者是其他涉密内容，如：涉密的国家重点实验室、涉密的军事院校等。
其中，涉密项目一般都有保密期，国自然一般保密期是3-5年，也有更长的，随项目时间顺延，在保密期过后会随当年硕、博士论文一同录入知网；如果是其他涉密内容，则可能只在内网交流，公开时间另行规定（或有限公开、甚至不公开）。
过了保密期后才会在网上公开，也就是说还在保密期的论文是查不到的，自然就不会和保密期的论文查重了。
9、论文查重的操作步骤如下1选择论文查重系统，登录系统界面2确定查重板块，输入论文作者姓名等信息，按照查重系统的要求上传论文3上传完后等待查重结束，查重结束后下载论文查重报告即可。