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在开始调查阶段，对学术上的舞弊行为的告发由主管科学研究的副教务长和相关管理机关（例如学生行动办公室、博士后办公室、人力资源办公室等）一起负责。如果满足相关要求和手续，副教务长将以书面形式向负责讨论的相关学院院长提起诉讼。
院长收到后，根据学校的相关方针、手续，告诉被告告发的性质、内容及相关资料，成立调查委员会，开始调查。开始调查委员会，收集信息，召开咨询，讨论是否进入正式的询问手续，开始书面调查。报告内容主要包括检查的证据、采访的总结、委员会的主张。
如果开始调查，书面报告书主张召开正式调查，院长根据有关规定召开正式调查。如果是联邦政府提供的资金援助的话，正式调查的决定必须提交给诚实研究室（研讨诚办公室是美国国家卫生和公共服务部部长室所属的公共卫生和科学办公室的组成部分，主要职责是为了应对研讨不当行为，进行讨论的告发等）。